Deswegen sollte vorab genau geprüft werden, ob sich die Gemeinnützigkeit für den Verein wirklich lohnt oder die Nachteile überwiegen. Wegen der Vermögensbindung ist ein späterer Verzicht auf die Gemeinnützigkeit problematisch. Entzieht das Finanzamt die Gemeinnützigkeit später wieder (z.B. weil der Verein überwiegend nicht begünstigte Zwecke verfolgte), kann es zu erheblichen Steuernachzahlungen kommen. Auch eine private Haftung der Vorstandsmitglieder ist möglich.
Beantragt wird die Gemeinnützigkeit beim zuständigen Finanzamt. Dazu muss bei neu gegründeten Vereine die Satzung vorgelegt werden. Das Finanzamt gewährt – wenn die Voraussetzungen vorliegen, zunächst die vorläufige Freistellung (für maximal 18 Monate). Als Nachweis erhält der Verein einen Freistellungsbescheid. Nachdem für das erste Jahr die Steuererklärung vorgelegt wurde, wird die Freistellung für jeweils drei Jahre im voraus erteilt.
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